Økotoktet planlegges minst et år i forveien, da neste års tokt bygger på rutiner, erfaringer og innspill fra evalueringen som skjer kort tid etter toktslutt hvert år. Båtene bestilles året i forveien, økonomien må diskuteres og godkjennes.
I løpet av perioden fra toktslutt til neste års toktstart skal toktruten avtales mellom Havforskningsinstituttet og PINRO, personell bookes til å ivareta alle arbeidsoppgavene om bord innen opparbeidelse av fisk, dyre- og planteplankton, bunndyr, pattedyr, fugl og prøvetaking av forurensning og næring, målinger temperatur, saltinnhold og dypet i havet. Norske og russiske forskerne møtes i mars og diskuterer toktforløpet som involverer 3 norske og opp til 3 russiske båter som skal dekke hele Barentshavet samtidig og bruke mest mulig standardiserte måle- og innsamlingsmetoder. Det søkes også om tillatelse for at norske båter kan bistå i russisk sone, om nødvendig, og visa versa. I tillegg utlyses plass for ekstra prøvetaking og gjesteforskere så langt det vil være plass om bord, uten at det hemmer eller forsinker eller kommer i veien for økotoktprøvetakingen.
Etter toktet og evalueringsmøtet møtes forskerne direkte eller via nettkommunikasjon og sammenstiller sine data, lager figurer og skriver en samlet toktrapport fra alle de norske og russiske båtene. Dataene og resultatene blir brukt i arbeidsgrupper og fagutvalg for fastsetting av fiskekvoter, miljøstatus, og en lang rekke forskningsmessige programmer, nasjonalt og internasjonalt. De har bidratt til, og vil bidra til en rekke faglige publikasjoner og bedre forståelse for tilstand og endringer i Barentshavet. Rutinene med planlegging, gjennomføring, evaluering og rapportering er utviklet for å sikre kvaliteten på det som gjøres og leveres, og for stadig å utvikle stadig bedre og mer effektive norsk-russisk økotokt hvert år.