Mange plansaker vil berre ha midlertidige effektar som stort sett vil påverke naturtypen mens inngrepet pågår. Ulike former for utslepp av sediment og kjemikaliar vil kunne returnere til ein naturleg tilstand når inngrepet er ferdig.
Inngrep på land kan også føre til midlertidige effektar i sjøen gjennom avrenning frå elver og bekker. Andre former for tiltak som f.eks. sprenging, kan gi både midlertidige og permanente effektar. Sprenging i eller nær sjø kan påverke marine organismar og gi straksreaksjonar. Omfanget og alvoret av midlertidige effektar vil avhenge av når og kor lang tid eit inngrep går føre seg.
Enkelte naturtypar vil være sårbare for midlertidige inngrep berre i periodar av årssyklusen. Sprenging i et gytefelt i gytetida vil kunne gi fryktreaksjon og mislykka gyting, mens tilsvarande tiltak utanfor gytetida kan vere uproblematisk for gytinga.
Permanente skader på naturtypar vil vere tiltak der naturtypen blir skada slik at dette området mister sin funksjon og ikkje nødvendigvis returnerer til ein naturtilstand. Ved å sprenge farlei, for eksempel, kan sirkulasjonen i ein naturleg oksygenfattig fjord endrast dramatisk. Gyting hos fisk kan vere knytta til spesielle topografiske formasjonar på botnen. Om desse blir sprengt bort og fisken ikkje lenger vil bruke dette som gytefelt, vil inngrepet vere svært vanskeleg å reversere, og området kan ha mista sin funksjon som gytefelt.
Inngrep utanfor ein naturtype kan også gi permanente endringar på naturtypen. Dersom straum og sirkulasjon blir endra på eit gytefelt med god retensjon slik at fiskeegg og -larver blir førte bort frå gytefeltet, vil det kunne endre populasjonsstrukturen hos arten som gyt der. Endring i straum kan også føre til redusert rekruttering om yngelen hamner i oppvekstområde som har dårlegare forhold for overleving og vekst. Ei sentral vurdering vil vere om dei permanente effektane påverkar heile eller berre deler av ein naturtype.
Enkelte permanente tiltak kan vere reverserbare. Om ei ålegraseng blir fjerna, vil den kunne etablere seg på nytt om området blir tilbakeført til mudderbotn, men det vil alltid vere ei viss usikkerheit knytta til ei slik tilbakeføring.